मुलुकको उत्पादन र राष्ट्रिय आम्दानी बढाउने मुख्य उद्देश्य रहेको चौथो पञ्चवर्षिय योजना (वि. सं.२०२७–२०३२) अवधिमा सरकारले आय आर्जन तथा उत्पादन बृद्धिलाई मुख्य प्राथमिकतामा राखी विभिन्न कृयाकलापहरू तय गरेको थियो । यस प्राथमिकतालाई सहयोग गर्न आवश्यक पूँजीको परिचालन गर्न उत्पादन मुलक व्यवसाय (मुख्य गरी कृषिजन्य) मा कर्जा प्रवाह बढाउनुपर्ने आवश्यकता थियो । त्यस्तै, तत्कालीन समयमा भएको कृषि कर्जा सर्वेक्षण (सन् १९६८/६९)बाट प्राप्त सुझाव बमोजिम वाणिज्य बैंकहरूबाट प्राथमिकता प्राप्त क्षेत्रमा लगानी बढाउन नेपाल राष्ट्र बैंकले कर्जा सुरक्षण प्रणालीको अवलम्बन गर्ने नीति अघि बढायो  । 

नेपाल राष्ट्र बैंकले वि.सं. २०३१ को शुरूवातमा (सन् २०७४ मे) बाणिज्य बैंकहरूले आफ्नो कुल निक्षेपको कम्तीमा ५ प्रतिशत कर्जा साना क्षेत्र (Smlla Sector) मा लगानी गर्नुपर्ने नीतिको तर्जुमा गरी प्राथमिकता प्राप्त क्षेत्रमा अनिवार्य लगानीको निर्देशन जारी ग-यो । बाणिज्य बैंकहरूले उक्त क्षेत्रमा हुने आफ्नो लगानीमा बढी जोखिम महसुस गरेको हुँदा सोको व्यवस्थापनका लागि तत्कालै नेपाल राष्ट्र बैंकको नेतृत्वमा कर्जा सुरक्षण गर्ने छुट्टै निकाय खडा गर्ने र सोही निकायबाट कर्जा सुरक्षण गर्ने प्रक्रिया अघि बढाइयो ।

सो पश्चात ऐतिहासिक रूपमा वि. सं. २०३१ असोज ४ गते नेपाल राष्ट्र बैंक र बाणिज्य बैंकहरूको स्वामित्व रहने गरी कर्जा सुरक्षण निगम नाममा नेपालमा कर्जा सुरक्षण गर्ने संस्थाको स्थापना भयो । वि. सं. २०४२ मा यस संस्थामा नेपाल सरकारले स्वामित्व ग्रहण गरेको थियो । वि.सं. २०७३ असोज १८ मा निक्षेप तथा कर्जा सुरक्षण कोष ऐन, २०७३ मा लागू भए पश्चात निक्षेप तथा कर्जा सुरक्षण कोषको नामबाट यस संस्था सञ्चालित छ र नेपालमा कर्जा सुरक्षण संगै निक्षेप सुरक्षण कार्य समेत सञ्चालन गर्दै आएको छ ।

प्राथमिकता क्षेत्र कर्जा अन्तर्गत साना क्षेत्रमा बाणिज्य बैंकहरूको लगानी अनिवार्य गरिए पछि शुरू भएको कर्जा सुरक्षण कार्यक्रम शुरूवाती चरणमा प्राथमिकता क्षेत्रमा नै केन्द्रित भयो । सन १९७४ मा शूरू भएको साना क्षेत्र (Small Sector) कार्यक्रमलाई सन् १९७६ मा निर्देशित कर्जा (Supervised Credit) नाम दिइयो भने सन् १९८१ मा सघन बैकिंङ कार्यक्रम (Intensive Banking Programme, IBP) को रूपमा पुन नामाकरण गरियो । यस कार्यक्रमलाई सन् १९९१ देखि प्राथमिकता क्षेत्र कर्जा (Priority Sector Lending) नाममा कार्यक्रम सञ्चालन गरियो । समय अनुसार जुनसुकै नाम दिइए पनि यी कर्जा कार्यक्रमहरू निम्न बर्गमा लक्षित प्राथमिकता प्राप्त क्षेत्र कर्जाकै स्वरूप थिए र कोषले लामो अवधिसम्म यही प्रकृतिको कर्जाको सुरक्षण कार्यक्रम सञ्चालन ग-यो । 
नेपाल राष्ट्र बैंकले क्रमशः प्राथमिकता क्षेत्र कर्जा कार्यक्रमलाई घटाउदै बन्द गर्ने नीति अनुरूप सन् २००२ (वि.सं.२०५८) बाट अनिवार्य लगानीको सीमा घटाउदै सन् २००७ (वि.सं.२०६४) बाट अनिवार्यता बन्द गरेपछि कोषले गर्दै आएको मुख्य कर्जा सुरक्षण कार्यक्रम समेत बन्द भएको थियो ।

मुख्य रूपमा प्राथमिकता क्षेत्रको कर्जा सुरक्षण गर्दै आए पनि कोषले विभिन्न अन्य कर्जा सुरक्षण कार्यक्रम समेत सञ्चालन गरिए । यद्यपि कतिपय सुरक्षण कार्यक्रमहरू सफल हुन सकेनन् पनि कतिपय कार्यक्रमहरूलाई परिमार्जित स्वरूपमा सञ्चालन गरियो । वि.सं. २०४० को दशकको शरूवातमा पूर्व निर्यात कर्जा, शिक्षित बेरोजगार कर्जा लगायतका कर्जा सुरक्षण कार्यक्रम शुरूवात गरिएका थिए । २०५० को दशकमा क्रेडिट कार्ड बीमा, ग्रामीण परियोजनासंग सम्बन्धित विभिन्न क्षेत्रगत कर्जाको सुरक्षण तथा माइक्रोबस अन्तर्गत प्रवाह भएको कर्जाको सुरक्षण लगायतका कार्यक्रहरू समेत प्रचलनमा थिए । त्यस्तै २०६० को दशकमा बैदेशिक रोजगार ऋण सुरक्षण र तरकारी बाली सुरक्षणको व्यवस्था गरिए । यद्यपि ती कार्यक्रमहरूमध्ये कुनै कार्यक्रमहरू सीमित रूपम सञ्चालनमा आए भने कतिपय कार्यक्रम सञ्चालनमा नै आउन सकेनन् र समग्रमा असफल भए ।

वि.सं. २०६० मा साना तथा मझौला कर्जा सुरक्षण कार्यक्रमको व्यवस्था गरियो । वि.सं. २०६४ सालमा लघुवित्त तथा विपन्न वर्ग सुरक्षण कार्यक्रम शुरू भयो । वि.सं.२०७१ देखि नेपाल सरकारले कृषि कर्जामा व्याज अनुदान दिने नीति तर्जुमा गरेपछि कोषले पनि वि.सं. २०७३ सालमा छुट्टै कार्यक्रमको रूपमा कृषि कर्जा सुरक्षणको शुरूवात ग-यो । वि.सं. २०७५ मा नेपाल सरकारबाट अनिवार्य सुरक्षणको व्यवस्था सहित सहुलियतपूर्ण कर्जा सम्बन्धी व्यवस्था भयो र कोषले सहुलियतपूर्ण कर्जाको सुरक्षण समेत शुरूवात ग-यो । वि.सं.२०७५ मा शैक्षिक तथा शैक्षिक बेरोजगार कर्जा सुरक्षण कार्यक्रम र वि.सं.२०७६ मा निर्यात कर्जा सुरक्षण कार्यक्रमले धेरै बर्षपछि कोषमा पुनः प्रवेश गरे पनि हालसम्म आशातीत प्रगति हासिल गर्न भने सकेनन् ।

वि.सं. २०३१ सालमा माथिल्लो सीमा रू २ लाख बाट शुरू भएको कर्जा सुरक्षण कार्यक्रम भने हाल अधिकतम प्रति ऋणी रू ३ करोड सम्मको कर्जा सुरक्षण गर्न सक्ने व्यवस्था छ । कोषसंग पूर्व सहमति नलिइएका कर्जाका अधिकतम सीमा भने हाल १ करोड सम्म मात्रै रहेको छ । यद्यपि कोषका विभिन्न कर्जा कार्यक्रमहरूका सुरक्षण सीमा अलगअलग रहेका छन् ।

आ.व. २०३१/३२ मा ४६८ जना ऋणीलाइ प्रवाह भएको रू २ करोड ४८ लाख कर्जाको सुरक्षण भएकोमा २०७९/८० मा आइपुग्दा करिब १७ लाख ऋणीलाई प्रवाह झण्डै भएको रू २ खर्ब ७५ अर्ब कर्जा रकमको सुरक्षण भएको छ ।